Основу ресурсного потенциала Санкт-Петербурга составляют пресные поверхностные и подземные воды. Общая протяженность водотоков составляет 217,5 км. Основной водоток – река Нева.

В районе Сестрорецка эксплуатируются хлоридно-натриевые минеральные воды (на их базе возник курорт общероссийского значения), в северной части города – железистые минеральные лечебно-столовые воды месторождения «Полюстрово».

Имеются месторождения песчано-гравийных материалов, гальки, песков, глин, песчаников, суглинков, а также торфа.

В южной части города расположена зона тепловой аномалии: на глубине 1900–2200 м температура кристаллических пород достигает 70° C.