В первую очередь их различия связаны с эволюционным развитием. Хвощи плауны и папоротники относятся к споровым растениям. Хвощи и папоротники объединяют в один отдел папоротниковидные, а плауны выделяют в другой отдел-плауновидные. Корневая система папоротников и хвощей представлена корневищем, у плаунов корневища нет. И, конечно, все они различаются по внешнему виду. Слово плаун произошёл от старорусского слово плавун. Действительно, плаун, как будто бы, плывёт по земле поднимаясь в верх. У хвоща на стебле, кстати, имеющий в своём составе кремнозём,  маленькие вытянутые листочки располагаются мутовчато, То есть через какое-то определённое расстояние. Ваи папоротника растут от самой Земли, на каждом рахисе, или главном черешке располагаются n-ное количество листьев.