камнями :

камн - корень,  ями - окончание, камн - основа

счищали:

с - приставка,  чищ - корень; а, л - суффиксы (2 разных), и- окончание, счища - основа ( суффикс л не входит в основу, т.к. это суф. прошед. времени)

пробивающуюся:

про -приставка, бив -корень; а, ющ, ся -суффиксы (3 разных; ся -возвратный), ую -окончание, пробивающ - основа

каменным:

камен - корень, н -суффикс, ым -окончание, каменн -основа

обрезывали:

об -приставка, рез -корень; ыв, а, л -суффиксы, и -окончание, обрезыва - основа

всё понятно?