Отличие в том, что есть сложноподчиненные союзы и сложносочиненные-поэтому предложения так и называются..При сочинительной связи это союзы “а”, “но”, “и”, “да”. При подчинительной – “потому что”, “где”, “так как” и другие — такие союзы называются подчинительными 
Пример сложноподчиненного: я пришел домой, когда заходило солнце 
Пример сложносочиненного: начался дождь, и поднялся сильный ветер