1) Приближалась осень, (1) и в старом саду было тихо (2) и грустно, (3) и на аллеях лежали тёмные листья.

1 - запятая между частями сложносочинённого предложения

2 - запятая не ставится, так как тихо и грустно - это однородные сказуемые

3 - запятая между частями сложносочинённого предложения

2) Хаджи Мурат надел оружие и (1) бурку, (2) Элдар сделал то же, и (3) оба молча вышли из сакли под навесом.

1 - запятая не ставится, так как оружие и бурку - это однородные дополнения

2 - запятая между частями бессоюзного сложного предложения

3 - запятая между частями сложносочинённого предложения

3) Свежеет ветер, (1) меркнет ночь, (2) а море алей и (3) алей бурлит, (4) и пена плещет на гранит, (5) то прянет, (6) то отхлынет прочь.

1 - запятая между частями бессоюзного сложного предложения

2 - запятая между частями сложносочинённого предложения

3 - запятая не ставится, так как алей и алей - это однородные определения

4 - запятая между частями сложносочинённого предложения

5 и 6 - запятая между частями сложносочинённого предложения, соединёнными двойным союзом то-то

4) На дворе было темно, (1) и видны были только одни силуэты деревьев да (2) тёмные крыши сараев.

1 - запятая между частями сложносочинённого предложения

2 - запятая не ставится, так как силуэты и крыши - однородные дополнения