Структурной единицей как многоклеточного, так и одноклеточного организма является клетка. Для обоих организмов характерно наличие в их клетках наследственного материала, который обеспечивает размножение. Оба организма способны дышать, передвигаться, выделять продукты жизнедеятельности, реагировать в ответ на раздражение, расти и развиваться, производить обмен вещества и энергии с окружающей средой, проявлять изменчивость под влиянием факторов окружающей среды. Как многоклеточные, так и одноклеточные организмы обладают определённой степенью химического постоянства внутренней среды своих организмов и имеют механизмы поддержания такого постоянства.

Различиями является то, что одноклеточный организм состоит только из одной клетки, а многоклеточный — из целого комплекса клеток. Клетки многоклеточных организмов обладают высокой степенью дифференциации и каждый конкретный тип клеток отвечает за выполнение какой-либо специфической задачи. Многоклеточные организмы обладают куда большим количеством доступных вариантов изменчивости, нежели одноклеточные. Одноклеточные организмы могут размножаться как половым, так и не половым путём, в то время как многоклеточные организмы размножаются исключительно половым путём.