Ответ:

Я конечно не эксперт, но

Голосеменные имеют более сложное строение.

Достаточно посмотреть на плод. Если у папоротников это споры, то у голосеменных - это сложноустроенные плоды,  хоть и без покрытия и замкнутого вместилища. Строения стебля или же листьев также отличаются в пользу голосеменных.