В конце 15 века было создано феодальное Московское государство, которое объединило разрозненные русские княжества. К этому времени на Руси отмечалось значительное разделение медицинских профессий. Лечебных званий насчитывалось более десяти: дохтуры, лекари, зелейники, травники, кровопуски, зубоволоки, костоправы, очные мастера, повивальные бабки. Травники и зелейники лечили травами, кореньями и другими растительными снадобьями. Учреждения аптечного типа в 16 веке были зелейные лавки, существовавшие во многих русских городах. Владельцы этих лавок – зелейники – не только готовили и продавали порошки, мази, настойки и другие лекарства. Нередко это были высокообразованные по тому времени люди, хорошо знавшие свойства и действия лекарств. Медицинские знания и сведения о лекарствах обобщались в тот период в рукописных лечебниках и травниках, в которых отражался опыт самобытных русских лекарей и богатое наследие народной медицины. Однако царский двор не довольствовался отечественными лекарями. В 1534 г. по указу царя был выписан из-за границы придворный штат докторов и аптекарей. В 1581 г. в Кремле приглашенным из Англии аптекарем была открыта первая в России царская аптека. Обслуживала аптека только царскую семью. Каждое отпускаемое царю или членам его семьи лекарство предварительно пробовалось ("надкушивалось") врачом или атпекарем. Лишь по истечении почти 100 лет, в 1672 г., была открыта вторая аптека, которая продавала лекарства людям всех чинов. В штате этой аптеки были аптекари, врачи и алхимики, дистилляторы, лекарские и аптекарские ученики. При аптеке были сушильня для трав, кладовые, лаборатория для приготовления лекарств. В 1682 г. в Москве при гражданском госпитале была открыта третья государственная аптека. Население России по-прежнему пользовалось зелейными лавками или услугами лекарей и знахарей.

Примерно в конце 16 – начале 17 века для руководства медицинским делом в России было создано государственное учреждение – Аптекарский приказ. Этот приказ ведал организацией заготовок лекарственных растений, подготовкой лекарей и специалистов по приготовлению лекарств, обеспечивал медицинской и лекарственной помощью русскую армию, проводил проверку медицинских знаний у докторов, лекарей и аптекарей, приезжавших на работу в Россию из других стран. Аптекарский приказ был самобытным, присущим только России государственным органом по руководству лечебным и аптечным делом. Уже в первой половине 17 века под руководством Аптекарского приказа был организован первый в России аптекарский огород для разведения лекарственных растений и изготовления из них лекарств. К концу 17 века в ведении Аптекарского приказа было 4 аптекарских огорода, расположенных на территории Москвы. Только на огороде близ Каменного моста выращивалось около 25 видов сырья: мак, табак, анис, цикорий, петрушка, укроп, базилик, шалфей и др. Во второй половине 17 века Аптекарский приказ открыл специальную школу по подготовке отечественных медиков. В этой школе изучали медицинскую ботанику, фармакологию, анатомию, фармацию и другие предметы. Методы приготовления лекарств ученики школы осваивали в аптеках и аптекарских огородах. Среди первых русских аптекарей, принимавших активное участие в становлении русской фармации, необходимо отметить Тихона Ананьина и Василия Шилова. Эти "алхимисты" закупали для аптек необходимые медикаменты и сырьё, участвовали в подготовке учеников, выполняли различные поручения Аптекарского приказа. Таким образом, лечебное и аптечное дело в России в 16 – 17 веках развивалось на почве отечественной, самобытной народной и профессиональной медицины и фармации, под руководством русского государственного органа управления лечебным делом – Аптекарского приказа.