Географическое положение страны, большая часть которой располагается севернее полярного круга и на значительной высоте над уровнем моря, обусловливает ее суровый и резко континентальный климат.
Особенно сурова здесь зима, длящаяся повсюду более полугода. В это время над страной господствует очень холодный континентальный воздух, образующийся в результате трансформации поступающих с севера арктических воздушных масс под воздействием интенсивного выхолаживания земной поверхности.

Средняя температура января ниже  - 38,  - 40°. Особенно сильные морозы наблюдаются в межгорных котловинах, где средняя температура января составляет  - 48,  - 50°, а в отдельные дни температура опускается ниже  - 60,  - 65°. Для горных областей страны характерны мощные зимние температурные инверсии в нижнем слое континентального воздуха и значительное повышение температуры с высотой, градиент которого достигает 1,7 - 2° на 100 м.
Летом над материковой частью страны устанавливается область относительно пониженного давления, а над северными морями  -  зона более высокого давления. Располагающийся вблизи морского побережья арктический фронт разделяет массы теплого континентального воздуха от более холодного воздуха, формирующегося над поверхностью океана. Наиболее теплым бывает лето в межгорных понижениях верховьев Яны, Индигирки и Колымы. Средняя температура июля составляет здесь. 14 - 16° (в отдельные дни максимумы достигают 32 - 35°), а сумма положительных среднесуточных температур за период выше 10° равна 1200 - 1650°. Более прохладное лето характерно для тундровых районов, и горных хребтов, поднимающихся выше границы древесной растительности, где средняя температура июля повсюду ниже 10 - 12°.
Летом выпадает основная масса осадков (65 - 75% годовой суммы). Большинство их поступает с воздушными массами, приходящими в июле и августе с запада, северо-запада и севера, но в верховьях Индигирки и Колымы влагу приносят также восточные и юго-восточные ветры. Максимальное количество осадков выпадает в хребтах Верхоянском и Черского на высотах 1000 - 2000 м, где их сумма за летние месяцы достигает 400 - 600 мм. Много меньше летних осадков в районах равнинной тундры (150 - 200 мм) и особенно в замкнутых межгорных котловинах (Верхоянск  -  80, Оймякон - 100, Сеймчан - 115). В связи с большой сухостью воздуха, относительно высокими летними температурами и значительным испарением в этих районах вегетация растений происходит подчас в условиях заметного недостатка влаги.