Tony was shocked. He couldn't believe what had happened.

Здесь мы используем Past perfect, так как говорим о действии,которое произошло раньше,чем ещё что-то в прошлом (прошедшее прошедшего)

В данной ситуации: Он был шокирован и не мог поверить(PS) в то,что произошло еще раньше,то есть  прошлое в прошлом ,то есть PP