В городе Обнинске или в городе Обнинск?

Доброго и бодрого всем вечера))
Подскажите, пожалуйста, как правильно писать "в городе Обнинске" или "в городе Обнинск"?
Вроде как есть такое правило по русскому языку. Приведу на примере:
- я прочитал Мастера и Маргариту
- я прочитал книгу "Мастер и Маргарита"
Понимаете?)
Объясните, пожалуйста, как происходит вроде как похожая ситуация с городами.
И мою пунктуацию можете тоже исправить, буду признателен :)