Внутренняя политика Годунова сводилась к укреплению  государственности. В 1589 году было введено патриаршество. Первым патриархом был избран митрополит Иов. Внутренняя политика была весьма продумана и продуктивна. При нем в Москве построили первый водопровод. Водопровод качал воду из Москвы–реки на конюшенный двор. С размахом осуществляется городское строительство, строятся церкви, храмы, появляться новые крепости на окраинах Руси.

Был восстановлен город Елец, построен Белгород, а так же заложен Томск. Царь на время восстанавливает «Юрьев День». На 1601 – 1603 годы выдается неурожай, начинается голод, который вызывает народное недовольство. Борис предпринимает меры по недопущению народного недовольства. Но все его старания оказались тщетны. В 1603 году в окраинах Москвы, вспыхивает восстание Хлопка.

Во внешней политике Годунов проявил себя  как умелый дипломат. Заключил очень удачный мир со Швеции, вернув России исконно русские земли, которые в последнее время находились во власти Швеции.

Умер Годунов в 1605 году. У него остались двое детей: сын Федор и дочь Ксения. В результате  мятежа спровоцированного Лжедмитрием I , Федор был убит, а Ксения стала его наложницей.