Потому что система резервирует определённый диапазон под системные службы. И чтобы не возникало конфликта, пользователям также выделяется свой диапазон значений.

uid'ы необязательно задаются значениями больше 1000. Всё зависит от дистрибутива. Но в большинстве сборок они действительно начинаются либо с 500, либо с 1000