1. Маша Миронова прекрасно понимает, что "по закону" Гринёв преступник: он дезертировал из армии в разгар боевых действий. Т. е. арест Гринёва и есть правосудие. Но именно благодаря преступлению Гринёва не совершилось преступление против неё, беззащитной сироты. Гринёв спас девушку, а она спасает его. Милость и помилование - слова однокоренные, и Маша просит именно помиловать человека, причина "преступления" которого - это она.

2. Благодаря Швабрину, Гринева считали помощником Пугачева, то есть предателем

3. За него приехала просить капитанская дочка, что по своей сути уже очень храбрый поступок со стороны Марии. И дождавшись аудиенции, она пала ниц и слезно умоляла помиловать своего любимого.