Для природы - предшественники покрытосемянных, пища и дом для некоторых животных, в экологической сукцессии нередко всё останавливается на голосемянных.

Человеком голосеменные не употребляются в пищу, но используются в строительстве. Голосеменные образуют полезные ископаемые.