Своєю внутрішньою політикою Іван Виговський прагнув задовольнити передусім інтереси старшинської верхівки та української покозаченої шляхти. Внутрішня політика І. Виговського ігнорувала інтереси селянства й міщан, рядового козацтва, запорожців: гетьман спробував відновити шляхетське землеволодіння на Лівобережжі, поширив на козацтво практику оренд і збільшення поборів, змістив кошового на Січі.

Щедрі дарунки земельних наділів і привілеїв можновладцям спричинили невдоволення незаможного козацтва й селянства. Загальне незадоволення такими діями влади з березня 1658 р. переросло у масовий рух суспільних низів, що набув виразних рис анархії і громадянської війни. Десятки тисяч селян, міщан, козацької сіроми громили й грабували маєтки шляхти й старшини, вбивали їх власників, орендарів, урядовців, а сам гетьман був “у всіх у ненависті”. Зростанням внутрішнього напруження скористалися полтавський полковник Мартин Пушкар, який сам прагнув гетьманської булави, та запорозький отаман Яків Барабаш.

Заклики гетьмана покласти край громадянській війні не діяли, тож Виговський мусив ужити рішучих заходів. Не маючи опори в українському суспільстві, І.Виговський заручився підтримкою Криму і звернувся до московського царя з проханням допомогти “тих бунтівників і свавільників приборкати”. У травні 1658 р. гетьманське військо розбило під Полтавою загони заколотників. Пушкар загинув у бою, а Барабаша взяли в полон і стратили.