Думаю, что основых причины было две. Первая,это согласно литературному критику А.Зеркалову, была полностью в том, что роман содержал в себе скрытую сатиру на сталинское время. Т.к после открытой сатиры в "Собачьем сердце" Булгаков начинает писать ее под более скрытым ареалом. Вторая же заключается ве воинствующей атеистской  программе. В то время в Москве было очень популярным не верить в Бога и отрицать существование дъявола и ему подобных.