Все клетки организма содержит один и тот же набор генов, однако имеют разное строение и функции (мышцы, костная ткань, внутренние органы и т. д.). Это происходит за счёт того, что в каждой клетке экспрессируются (т.е. действуют) не все гены, а только определённый их набор. Поэтому сущность клеточной дифференциации - это взаимодействие клеток между собой (посредством передачи определённых химических агентов через мембраны в соседние клетки) , в процессе которого каждая клетка направляется на нужный путь развития. 

Принцип здесь примерно такой. В одной клетке идёт какой-то процесс А. При этом выделяется много химических веществ, в том числе некое вещество Х. Это вещество Х проникает сквозь клеточную мембрану в соседнюю клетку, где процесс А ещё не начался, блокирует процесс А и активизирует процесс В. В результате эти две соседние клетки развиваются разными путями.