Во втором случае после What используется вспомогательный глагол, и вопрос образуется по обычной схеме:What+вспомогательный глагол(в данном случае to be)+S(подлежащее) и другие члены предложения...

В первом случае тоже есть вспомогательный глагол, но он не стоит после What.

Итак: в английском языке есть вопросительные конструкции, состоящие из двух слов(в данном случае-это "What facilities"). Важно помнить, что вопросительное и уточняющее слова в вопросе не разделяются, и вся конструкция ставится в начало предложения.