В горно-лесной зоне, в связи с большой расчлененностью рельефа и разнообразием климатических условий, наблюдается довольно пестрый по составу почвеаный покров. В зависимости от высокой облесенности территории, повышенного количества атмосферных осадков здесь преобладают типы почв, связанные с процессами оподзоливания.
На склонах хребтов и олюк распространены щебенчатые и дресвяные оподзоленные суглинистые и супесчаные почвы, составляющие основной почвенный фон зоны. Под хвойными лесами находятся типичные подзолистые почвы. Под лесами смешанными и лиственными распространены темно-серые лесные оподзоленные почвы, серые лесные оподзоленные почвы и светло-серые лесные оподзоленные почвы.
На краях Уфимского плато, заходящих в пределы пашей области и других выровненных открытых водораздельных пространствах, сложенных известняками, сформировались деградированные и выщелоченные черноземы. На понижениях, с близким залеганием грунтовых вод, встречаются лугово-под-золистые, лугово-болотные и аллювиальные почвы.
Под пашню в горно-лесной зоне используются, в основном, серые лесные почвы, оподзоленные и деградированные черноземы. Наиболее плодородными из них являются последние виды почв. Содержание гумуса в них 6—9%, мощность гумусового горизонта достигает 30—40 см, что позволяет производить вспашку на полную глубину. Несмотря на высокое естественное плодородие, оподзоленные и выщелоченные черноземы положительно реагируют на внесение органических и минеральных удобрений. Выращивание высоких и устойчивых урожаев на серых лесных оподзоленных почвах требует применения органо-минеральных удобрений в виде комшстов, приготовленных из торфа, навоза и фосфоритной муки. Подзолистые почвы зоны для сельскохозяйственного производства не используются, так как залегают под лесом и на крутых склонах гор.

В почвенном покрове лесостепной зоны преобладают выщелоченные черноземы и светло-серые лесные оподзоленные почвы. На севере и востоке области большое место занимают оподзоленные черноземы, солонцы, солончаки и солончаковые черноземы. Богатые гумусом черноземы, покрывающие пространство между Чебаркулем и Верхнеуральском, относят иногда к тучным. Солонцово-солончаковые почвы занимают значительные площади в районах, расположенных на Западно-Сибирской низменности. В березовых колках здесь нередко встречаются солоди. Солодь — вид почвы, характеризующийся сильно вымытым верхним горизонтом, имеющим белесоватый цвет. Они чаще всего встречаются в лесостепной зоне в блюдцеобразных западинах и лиманах с повышенным увлажнением.
В лесостепной зоне наиболее широко используется в сельскохозяйственном производстве основной тип ее почв — выщелоченные черноземы, в том числе и тучные черноземы. В этих черноземах удачно сочетаются благоприятные физические свойства с обеспеченностью основными элементами питания растений.
Почвы степной зоны более однообразны. Преобладающими типами почв являются: черноземы обыкновенные и черноземы тучные (Верхнеуральский район), черноземы южные и темно-каштановые почвы (Карталинский и Брединский районы), выщелоченные и солонцеватые черноземы и солонцы.
Сравнительно небольшие площади в степной зоне занимают солончаки и аллювиальные почвы. Солончаки распространены не только в степной, но и в лесостепной зонах. Обычно они занимают пониженные участки рельефа, располагаются вокруг рзер и болот, иногда в долинах рек.