Ответ:

В первую очередь в отношении к разуму, добру и человеку. Если для верующего эти понятия основополагающие, то для атеиста вторичные и в целом случайные.

Если для верующего мир твориться разумно на основе любви, то для атеиста это выигрыш (а для атеиста – буддиста проигрыш) в бездушной космической лотерее. Верующий относится к человеку и его личности с уважением, для него это образ и потенциальное подобие Создателя Вселенной, для атеиста – это высокоразвитое животное, наделенное в отличии от остальных небольшим, и часто неисправным, персональным компьютером внутри черепной коробки. Гуманизм верующего и желаемый результат, это вечная сопричастность каждого отдельного человека, и в итоге всех сумевших стать (остаться) людьми, Творцу Вселенной в Царстве истины, добра и справедливости. Для отдельного атеиста – это возможность послужить удобрением для пшеницы, которой будут питаться будущие поколения, а в целом – создание максимально сытого и комфортного, по «европейским стандартам» Вавилона/резервата/концлагеря/заповедника, для милых мыслящих и сытых обезьянок.

Это и есть главная идеологическая разница. Остальное – шелуха.