Ферменты взаимодействуют с субстратами с помощью активным центром, который формально можно разделить на

1) каталитический центр - он взаимодействует с субстратом

2) связывающий центр -  он обеспечивает специфичность и формирует комплекс  "фермент-субстрат"

На связывающем центра и остановимся. В принципе, субстратная специфичность обеспечивается несколькими способами:

- Комплиментарные формы (их участки);

- Гидрофобные участки на субстрате и ферменте;

- Распределение зарядов;

Не стоит забывать о таком свойстве части ферментов, как стереоспецифичность и региоселективность, а также способность к катализу одной или нескольких схожих по механизму реакций - хемоселективность.

С уважением, Сергей.